商务部、药监局联合下发《关于加强药品流通行业管理的通知》，要求配合国家基本药物制度的组织实施，规范流通秩序，提高行业管理水平。该通知也表明，商务部将成为药品流通行业的管理部门，与药监局联合进行行业管理。
1、商务部和药监局在药品流通行业管理上的职责分工
商务主管部门
 研究制定药品流通行业发展规划、行业标准和有关政策
 配合实施国家基本药物制度，提高行业组织化程度和现代化水平
 逐步建立药品流通行业统计制度，推进行业信用体系建设
 指导行业协会实行行业自律，开展行业培训
 加强国际合作与交流
药监部门
 对药品经营企业进行准入管理
 制定药品经营质量管理规范并监督实施，监管药品质量安全
 组织查处药品经营的违法违规行为
2、商务部将在以下领域与药监部门配合开展工作
（1）国家基本药物制度组织实施
 配合相关部门加强对基本药物招标采购的管理
 加大对药品市场运行的监测力度，了解企业经营情况，协调解决出现的问题
（2）规范药品流通秩序、开展药品安全专项整治
 抓好药品购销管理，完善索证索票制度，维护正常价格秩序
 以规范票据管理为切入点，整治药品流通中的违法违规行为
（3）加强统筹规划，积极推动药品流通行业管理工作
 实现药品流通企业的优胜劣汰，逐步完善统一开放竞争有序和方便消费者购买的药品流通市场体系
 争取财政支持，完善县级以下药品流通网络
 做好药品流通行业统计工作
（4）提高药品流通行业的组织化程度和现代化水平
 商务主管部门制定药品流通行业发展规划，药监部门制定准入标准，控制药品经营企业数量
 引导鼓励药品经营企业通过收购、兼并、重组做大做强，提高行业集中度，预防和制止垄断行为，保护市场公平竞争
 加快发展药品现代物流，鼓励有实力并具有现代物流基础设施和技术条件的企业开展药品委托储存配送
 开展国际交流合作，推动企业科学发展
（5）加强行业信用体系建设
 推动药品经营企业参与信用建设，树立诚信经营表率
 指导相关行业协会工作，发挥协会在规范市场秩序和促进信用建设中的积极作用
 通过开展职业道德教育、制定行规行约、开展行业信用评价、举办信用知识培训等形式，丰富和创新行业自律手段

来源：国家商务部网站